Tras la Guerra el equipo alternaría la Segunda y la Tercera División, hasta que en 1959 el equipo desciende definitivamente a Tercera, categoría de la cual no salió hasta 1977. Durante esta época el club vive la creación del CD Gerona, camiseta del barcelona posterior filial del Gerona FC. En esa época, la Federación española concede a la catalana una cierta autonomía para organizar campeonatos propios, y surgen otras selecciones regionales contra las que pueden jugar.
